一、局办公室（党委办公室）

二、医政科

三、规划财务科

四、区爱国卫生运动委员会办公室

五、区血吸虫病、地方病防治领导小组办公室

六、东西湖区新型农村合作医疗管理委员会办公室

局机关下设二级单位:

一、东西湖区妇幼保健院

二、东西湖区疾病预防控制中心

三、东西湖区卫生监督所

四、东西湖区预防保健门诊

五、东西湖区结核病防治所

六、东西湖区血吸虫病防治所